A mí tampoco me dejaba autoliquidar por el valor que le correspondía. Hasta mandé dos consultas oficiales a la oficina virtual, y me terminaron mandando a ventanilla. Las opciones son:
1. Pedir cita presencial y que te lo preparen en oficina. (Revisa bien porque a veces ponen las cosas cómo les sale del botalón, incluso la matrícula te la pueden poner mal). Yo casi llevaría un formulario rellenado por tí con los datos (se descarga en blanco de internet), para que el funcionario de turno se limite a copiar datos. Luego pago en el banco y se supone que no hay obligación de llevar de nuevo el justificante a Hacienda.
2. Acudir a una gestoría que hará lo anterior por tí, probablemente en menor plazo, pero a costa de unos honorarios. Eso si, te ahorras problemas.
Yo tuve suerte y me salió una cita disponible en oficinas para el día siguiente, así que todo es probarlo. Luego en el banco no me lo dejaban pagar en ventanilla, y por cajero daba error

, pero eso ya es otra historia para no dormir.
Saludos