Si, tendrás los papeles de la gestión. Yo lo hice por correo y pues te quedas con las copias de los tramites, tasas, etc. No es que te expidan un comprobante expresamente.
En cualquier caso tendrías que llevar los antiguos papeles del barco y los tramites del nuevo propietario, un papeleo vamos.
Edito: Se me olvidaba, los papeles te lo mandarán via "Notificación" , el permiso de navegación y el cambio de titularidad o cualquier otro tramite.
Después lo puedes pasar a papel. Decían que mandarían por correo pero no, al menos en mi caso.