Esta es mi opinión:
Si esa segunda batería es por seguridad de si falla la que hay, y no van a trabajar juntas, salvo caso de emergencia,
no creo que haya ningún problema en montarla, junto con el conmutador 1-2-All-off.
Lo que también necesitas para que queden aisladas durante la carga desde el alternador, es un
separador o aislador de baterías de 2 salidas.
Aquí tienes una muestra..