A ver si este esquema aclara la duda de las conexiones del cargador.
Básicamente,
las salidas van directas (pasando por un térmico de calibre adecuado)
a cada batería, independientemente del interruptor/conmutador de elección de baterías.
Este puede ser un ejemplo...
Yo dejo siempre conectado el cargador a la red del pantalán,
así es como más duran las baterías... siempre cargadas.
En cuanto a las preguntas de Alfraher y otros sobre la carga de cada salida, lo
"normal" es que
el propio cargador gestione lo que necesita cada salida, así uno de 30A y dos salidas puede dar en una salida 5A y en la otra 25A, según exija cada batería. Por lo menos eso es lo que hacen los Victron.