Por si no has llegado hasta ahí, la norma específica que establece que no se puede obligar al ciudadano a aportar una copia del DNI es esta:
https://www.boe.es/buscar/doc.php?id=BOE-A-2006-8148
El órgano que tiene que resolver lo que debería hacer es entrar al "sistema de verificación de datos de identidad", al que debería tener acceso.
Ten en cuenta que, en el caso que archiven el procedimiento por no aportar un documento deben hacerlo mediante una resolución que te deben notificar; es decir, no es una acción interna de la que no se deba dar cuenta al interesado.
Si, además, el trámite fue electrónico y la solicitud se presentó telemáticamente la identidad se acredita mediante el certificado digital que se utilizó para hacer y firmar la gestión y, en ese caso, no cabe solicitar ningún otro documento de identificación.
Tengo menos claro lo de recabar información sobre la localidad donde está el barco. Si forma parte de un formulario normalizado es posible que sí puedan exigirte esa información, aunque no sepas para qué se precisa.