Boas tardes
Creo que puedes tener el barco en Francia con bandera francesa y patronearlo por sus aguas sin mayor problema
.
Si entras en aguas españolas, deberás justificar que eres residente en Francia para no tener que matricular en España.
Para ser residente en Francia debes inscribirte en el registro de residentes dando una dirección de residencia en Francia.
Podrías tener problemas al pagar el IRPF (aunque como residente en Euskadi, creo que no te tratas con la Agencia tributaria española sino con la vasca
)
Como verás, mientras no navegues por España, no tienes mayor problema
Saúdos