En mi opinión no tiene sentido que la batería del motor y la del molinete estén conectadas al Shunt.

Yo eliminaría la batería del molinete y lo conectaría a las de servicio o a la de motor, en el bienentendido de que el molinete se usa sólo con el motor en marcha y el alternador cargando. Una batería menos con su cableado coprrespondiente.

Ya puestos, que las tres baterías sean iguales ya que si las pones en paralelo es mejor que sea a sí.