Controvertido asunto...
A mí me ha ocurrido a veces, y eso se soluciona diciendo al puerto que ellos no tienen ninguna exclusiva y que para los trabajos en tu barco contratas a quien tú consideras conveniente. Libre mercado, se llama la figura.
Cierto que los puertos tratan de poner todas las trabas posibles pidiendo todo tipo de documentos: alta en la Seguridad Social, permisos varios, etc.
Es fundamental no amilanarse; ellos saben que es un abuso y normalmente no insisten cuando les dices que no pasas por el aro.
Saludos y
