Hasta donde yo sé, ojo que me puedo equivocar...
Cuando yo tenía bandera británica en mi barco iba legal porque:
1) en UK no se exige título, por tanto con ellos ok
2) tengo título español, con lo que aquí ok
Éso independiente de quién sea el propietario, rige para el patrón este tipo de asunto, otra cosa es que te puedan pedir un documento firmado por el armador autorizándote a utilizar o patronear la embarcación, por aquello de que no lo hayas robado
Con respecto a abandonar aguas españolas:
1) si la embarcación tiene pagados sus impuestos en la UE (e.g. IEDMT, AEAT) no tiene que salir de la UE para nada independientemente de la bandera
2) si no está al corriente del tema impositivo en la UE, cada 18 meses tiene que salir de la UE, porque se le termina el régimen de importación temporal
Obviamente con el Brexit yo cambié de bandera

aunque tenía todo el tema impositivo en regla, para qué prestarte a tener problemas por mucho que sean puntuales y tengas razón
