Los electrones "fluyen" por el camino más facil, son vagos.
Bromas a parte, aunque todos los negativos tengan una base común, si el negativo del motor no pasa por el shunt, nunca te va a marcar carga, el shunt al fin y al cabo, es una resistencia que provoca que la corriente del alternador pase por el otro cable, es el camino más corto y "facil".
Asegúrate de conectar el shunt justo después de la derivación de las baterías del negativo. Es decir, del borne del negativo al shunt, y de ahí al resto de la instalación, y asegurandose que ningún negativo más entra en el banco de baterías.
Es la única forma.
Saludos