[jonam52]

es complicado sin saber que motor tienes y que instalación, pero da la impresion por lo que cuentas de que podrias tener el positivo del alternador a las baterias de servicio y el negativo del alternador a la bateria de arranque y aunque te parece que con los selectores las pones en paralelo en realidad no lo estan. O bien el alternador no te carga o solo te carga la de arranque.

No te creas que todos los motores van con el negativo al bloque incluso algunos lo desaconsejan. El usar el bloque de negativo es algo que antes se hacia habitualmente pero que es mejor evitar porque esas corrientes circulando por el bloque motor provocan electrolisis en el motor y en todo lo que esté conectado metalicamente con el mismo.

No te digo más porque yo no llevo selectores porque me gustan las cosas cuanto más sencillas mejor. Yo tengo el negativo al cable negativo que sale del motor y para el positivo tuve que desconectar el cable positivo del alternador al motor y sacar de ahi el positivo al separador de carga de baterias y es el separador el que carga primero la de arranque y cuando está cargada pasa automaticamente a la de servicio.
En mi caso, el monitor lo llevo conectado al negativo que sale del motor y al positivo que sale del alternador a la entrada del separador de carga y asi veo lo que da el alternador, sea cual sea la bateria que esté cargando en ese momento.