[Eien]

Acabo de ver el esquema y tiene que indicarlo. Puede ser que si cuando sales de puerto, esas baterías están cargadas y solo absorves de la de arranque, que no pase corriente, o pase tan poca que no tenga suficiente resolución, como para leerla.
Que monitor y shunt tienes??

Haz consumos desde esas baterías, para ver si al bajar la tensión, ya empieza a cargar desde alternador.

O si puedes, arranca desde las de servicio.