Pues por lo que dices, hay algo que te mete ruido en la línea eléctrica, en alguna ocasión, algún contacto o conector que haya pillado humedad te puede dar ese problema. Revisa las conexiones, incluidas las del fusible y la línea que alimenta la radio. Si haces lo que comentas de aislar la emisora mediante otra batería y con eso eliminas el pitido, quedaría bastante claro que el problema es de la alimentación. No te extrañe que de desconectarla de donde está para hacer la prueba y volver a conectarla al barco otra vez, el ruido desaparezca por sí mismo.
