Veamos "Mendieta".
1º - Si que pueden estar siempre conectados los paneles.
2º - Mejor un conmutador, para elegir a que baterías dedicas la carga, y evitas conectar en paralelo dos baterías de diferente capacidad. Es lo más práctico.
No dices como has conectado los paneles, si en serie o en paralelo, para decirte la sección que debieras utilizar y las protecciones de entrada y salida del regulador.
Esquema conmutador de carga a 2 baterías...
Cuidado "Urola2", que has dicho "placas" y debe ser tipo de "batería". Es muy importante elegir bien el tipo de batería, que supongo serán AGM.
La opinión de "jonam52",
tiene su razón de ser, a pesar de que yo pienso que
como mejor está una batería es siempre cargada, y eso solo se consigue estando siempre conectada a un cargador. Así es la única forma de alargar la vida de una batería.