[Eien]

Es viable el montaje que propones, alternador-batería AGM+bosster-batería de litio.

1 - El cable para ese montaje puede ser de un mínimo de 10mm2.

2 - Se puede cargar de varias fuentes a la vez, lo que pasa es que una de ellas se hará la dueña, la que más tensión saque. Espero que el reguldor de carga sea del tipo MPPT y que pueda elegir como tipo de batería, litio.

3 - Que el cargador cargue dos baterías de diferente tecnología no es aceptable. Debieras ver los valores de tensiones de carga que saca, según el tipo de batería utilizada, AGM. GEL, Litio. Dependiendo del modelo de cargador, que debe ser de 2 salidas, te indicará los valores de carga según el tipo de batería. A una mala, elige los valores más bajos de carga.

4 - No dices ni el modelo de cargador ni del bosster.

5 - Según den de corriente el cargador y el alternador, debes montar DISYUNTORES, no fusibles, aunque tu decides.
Yo prefiero los disyuntores o magnetotérmicos, por su fácil manejo y no necesitan repuesto.

Si montas fusibles, multiplica por 1,6 el valor de la corriente máxima de tránsito de cada fuente, para obtener el valor del fusible.
Si decides montar disyuntor, multiplica por 1,3.