El propósito de la válvula antisifon es que cuando el motor se para, entre aire para romper la continuidad de la columna de agua y evitar el efecto sifón.
Tu sistema parece que funciona correctamente.
Me imagino que la válvula antisifón se encuentra en una posición más alta que el filtro del agua, lo que justificaría que también se vacie el filtro cuando paras el motor.
El impeler de la bomba del agua no es totalmente estanco y dejará pasar retrogradamente el agua cuando se abra la válvula antisifón.