Esta tarde lo miro y ya te digo algo.
Mira como he variado tu esquema para que funcione correctamente.
La solución está en QUITAR del cuadro de llave de contacto, el cable que viene del alternador de B+, y conectarlo al separador de baterías, y de cada salida del separador, a positivo de cada batería.
Pero
la mejor solución sería la que te mencioné, con interruptores... pero... te dará más trabajo !!