Hola.
Efectivamente los veleros de eslora no superior a 12 metros están exentos del pago de la tasa. art 171. e) del Texto Refundido de la Ley de Puertos del Estado y de la Marina Mercante, aprobado por Real Decreto Legislativo 2/2011, de 5 de septiembre.
https://www.boe.es/buscar/act.php?id=BOE-A-2011-16467
Puede tratarse del error que dices, pero ¡ojo!, es un caso de
"exención", no de
"no sujeción" al tributo. Tu velero está sujeto y exento.
En los casos de no sujeción no nacen las obligaciones formales y en los supuestos de exención, salvo que a Ley disponga lo contrario, si nacen las obligaciones formales derivadas del hecho imponible. Es decir no tienes que pagar pero sí declarar.
Saludos