Mi opinión es ir paso a paso.

Escoge una zona con varias burbujas (en 50x50 cm tendrás una buena colección). Con una lijadora, elimina todas las capas de pintura de la zona hasta llegar al gel-coat, sin dañarlo. Y allí verás claro el problema que tienes: pueden ser burbujas entre capas de pintura o pueden estar bajo el gel-coat. Si están bajo el gel-coat, pueden ser superficiales o muy profundas.

Una vez aclarado el alcance del problema podrás tomar una decisión.