"Tanausu", veamos por partes tus preguntas...
1º - Cargador a parte, bien, solo espero que esté bien configurado para los tipos de baterías que deba cargar.
2º - ¿Separador de baterías & relé de tensión?
Yo
elegiría el separador de baterías, pero solo si fuera para cargar desde alternador del motor, ya que
si es del tipo a transistores, que generan menor caída de tensión,
NECESITA VER la tensión de la batería de arranque, para poder actuar.
Si conectas a él la salida del regulador MPPT, éste, NO VERÁ la batería cuando esté parado el motor.
Solución: un separador de carga a diodos, que genera algo más de caída de tensión, pero siempre separa la carga a ambas baterías.
No me gustan los relés de tensión del tipo Cyrix, a no ser que ambas baterías tengan la misma capacidad, ya que
NO SEPARAN las baterías a él conectadas, pero para gustos... colores. Es otra opción.
Como debes haber leído, el cofrade "jonam52" utiliza otra táctica muy respetable, en su barco.
3º - Monitor de baterías. Estima la autonomía de una batería en horas, y puede indicar la tensión de otra más, además de mostrarte la corriente de carga, de descarga, la tensión actual, la energía consumida, estima el porcentaje del estado de carga de la batería, y unas cuantas cosas más.
Aclarar, que solo sirven para una única batería, todo lo más es indicar la tensión de otra. Para obtener todos los datos que ofrece, se debe montar un shunt y monitor para cada banco de baterías.