En principio es indiferente. Un shunt es una resistencia calibrada de muy poco valor óhmico. Sirve para medir la intensidad indirectamente (lo que se mide es la tensión que cae entre sus extremos, y por ley de Ohm, se obtiene la intensidad). La corriente que pasa por el shunt depende de la resistencia, no de su situación en el circuito. A mi también me llama la atención que algunos fabricantes especifiquen que ha de colocarse el tal o cual polo. Puede que haya una razón, pero...
Salud y Ron