[Eien]

"nico091", el separador de carga, es estático y no cambia de batería nunca.
Lo "normal" es que la carga desde un regulador, o bien tiene dos salidas y cada una va a una batería, o si solo tiene una salida, solo cargarás una, a no ser que pongas un relé tipo Cyrix, un conmutador, u otro separador.
En todos los casos, no pasan por el separador de carga desde el alternador.

El alternador NO afecta a la carga desde otras fuentes, lo que ocurrirá es que unas u otras dejarán de cargar si coinciden a la vez.