El cargador irá por un lado, y el regulador solar, por otro.
El regulador de 2 salidas, primero carga la salida principal, y luego, y con menos corriente, la batería secundaria.
Yo decía de instalar un separador al cargador, del tipo Argofet, o Argodiode, que pierde algo más de tensión.
Aquí tienes un ejemplo de un regulador de 2 salidas...
Dime lo que necesitas y dibujaré un esquema