Yo tenía un problema similar: mástil de 40 años con la pintura en mal estado y agujeros de antiguos remaches y tornillos para tapar. Lo que hice, después de consultar a un rigger de confianza, fue:

-lijado con lijadora hasta dejar el aluminio desnudo.
-imprimación epoxy (dos manos) dada inmediatamente después de la lijada (previo desenpolvar y lavar con alcohol). No lo dejes para imprimar de un día para otro o deberás lijar de nuevo para eliminar la capa invisible de óxido que se ha formado.
-acabado con pintura de poliuretano de dos componentes.
-los agujeros los tapé con nuevos remaches de aluminio.
-en zonas con corrosión, masillé con masilla metálica para aluminio previo saneado y pintado con la imprimación de epoxy.

La pintura hace el papel protector del anodizado. El anodizado sólo es importante si lo quieres dejar sin pintar.