"Axelescudero", a ver si con la ayuda del esquema que he dibujado, te aclaras más en el cableado que debes hacer.
Esquema 2 baterías independientes con interruptores y emergencia...
"Anca", aclara un poco más lo que tienes y quieres.
En principio, la salida del regulador de carga, que debiera ser del tipo MPPT puede ir SOLO a la batería que quieras cargar, y en el conmutador está su cable.
Si el regulador solo tiene una única salida, solo puedes cargar una sola batería, aunque hay otras soluciones para cargar 2 baterías.
¿Qué 2 baterías diferentes quieres cargar?