[Eien]

Lo primero que no me gusta es que utilices 2 baterías en paralelo, de supongo, diferente capacidad, una de servicios de 300Ah y la de motor de ¿?.
Otra cosa es la de cargar cada batería accionando el conmutador; si tuvieras un separador de carga, se haría automáticamente.

Ahora leeré con detenimiento toda la historia que nos has contado, y opinaré en consecuencia.
Lo raro es que ha ocurrido todo con el cambio de batería... da que pensar...

Dices "Cuando ya se habían consumido 20A y seguía sin cargar, decidí unir los circuitos para darle carga a servicios con el alternador. El monitor marcaba una carga de 18A que le estaba metiendo el alternador...todo correcto."
NO TAN CORRECTO!!, Depende de como hayas hecho la medida Esos 18A, solo serán de la batería que tenga conectado en el negativo el shunt, o bien de la de servicios o de la de motor., si es que tienes un monitor de carga/descarga.
Cuando aclares como haces las medidas, sabremos más que puede haber ocurrido.

Normalmente, cuando las medidas hacen oscilaciones, puede ser síntoma de cableado flojo, mal contacto, etc.

Si tienes pinza amperimétrica de corriente continua, o un multímetro que mida hasta 20A en continua, mide la corriente en cortocircuito del panel, soltando los dos cables de panel a regulador, y uniéndolos a través de la pinza, o en el multímetro conectándolos el negativo en el terminal COM, y el positivo en 20A.
Debería marcar un valor cercano al indicado en las características, como Isc, si es que el panel está bien orientado en acimut y elevación.
Esa prueba debería hacerse a las 14h.