[Eien]

El alternador ya toma negativo al sujetarse al chasis del motor, a no ser que sea de negativo aislado.
Es la primera vez que leo que llegan 2 negativos por separado al motor.

Supongo que las baterías las tendrás en paralelo; si no es así eso puede ser la causa de los 2 cables, pero se puede hacer con un conmutador y que NO ESTÉN EN PARALELO, saliendo de éste un solo cable al motor.

¿Cómo quedó el dilema de los ánodos???