Lo que no entiendo esto que dices que mientras cargas también descargas. Yo tenía entendido que cuando conectas entre sí varios elementos, la electricidad fluye desde el que tiene más potencial a los de menor potencial.
Si el alternador está entregando 14.4v y las baterías están a con menor voltaje, los electrones irían desde el alternador a las baterías.
A ver, que yo no soy un experto, simplemente es lo que me enseñaron en su día, cuando hice la instalación eléctrica en mi furgoneta, que cargo las 2 baterías con el alternador. Que puedo estar equivocado, no lo niego.


