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En principio, un alternador ya lleva regulador, y debería ir bien, si es que era nuevo, en reposo, sin motor y sin cargador las baterías deben tener de 12,4 a 12,6Vcc, y 13,6V cuando estén al 100%.

Para hacer estas pruebas necesitas un ayudante, ya que uno debe medir, y el otro conectar/desconectar consumos o interruptores.
1 - Si tienes un multímetro, mide la tensión que saca el alternador, por ejemplo en el cable que va a la entrada del separador y viene del B+ y negativo.
2 - Hazlo a diferentes revoluciones del motor, y estando o no conectado el cargador. La tensión debe estar entre 14 y 14,8Vcc.
3 - Luego conecta una carga fuerte, por ejemplo el molinete, y mide la tensión cuando esté en marcha.

4 - También la que saca el cargador estando el motor parado.

A todo esto, ¿en que instrumento mides ese exceso de tensión?