No especificas ni el tipo de barco ni su tamaño. Solamente te preocupa el agua de lluvia que pueda acumular.
Has pensado en alguna lona o toldo que pueda cubrir las posibles zonas de entrada de la lluvia?
Si es posible, creo que es la solución más sencilla y económica teniendo en cuenta que vives cerca del atraque y puedes controlar que no se desplace en caso de excesivo viento.