Yo particularmente lo pondría a la de motor, además, con un relé de carga de batería por medio, uno tipo "nagares". ¿Por qué? porque la batería del motor normalmente se usa para arranque del motor y poco más. Cuando el motor está arrancado, la batería hace de "condensador" y si hay algún pico de demanda, lo da la batería y no el alternador. Ten en cuenta que, durante el arranque, cuando más energía demanda el motor, el alternador ya está girando y a unas revoluciones que no son las óptimas, o sea, si se tuviera que quemar por eso, tendría bastantes puntos de hacerlo durante el arranque. El relé es para evitar hacer uso del molinete con el motor parado y así no te comes la batería por error y te quedas tirado.
Otro punto a tener en cuenta y que supongo que ya lo has pensado, es poner cables de sección adecuada hasta el molinete, ten en cuenta que a menor sección de cable, más resistencia genera esa línea y eso se traduce en un aumento de demanda de amperaje.
