Eso es porque el motor sigue intentando girar, al bloquearse por haber llegado al tope, se para el motor y se dispara el consumo. Me parece raro que el molinete no tenga algún dispositivo que pare el giro cuando detecta que hace tope, pero todo puede ser. El hecho de que pase con el motor encendido es porque el alternador suministra más corriente que la simple batería.
En base a esto te diría que revises que el fusible es el indicado en el manual del fabricante y también, según el tipo de fusible, normalmente con los cilíndricos, los hay de fusión rápida y de fusión lenta, revisa que esté el tipo que indica el fabricante del molinete.
Otro punto a revisar es que las bornas, tanto en molinete como en cualquier parte del circuito eléctrico desde el motor hasta la conexión a las baterías, estén bien apretadas para evitar chisporroteos que puedan afectar al funcionamiento; si tienes una batería intermedia para alimentar solamente el molinete, revisa que no esté gastada.
Y finalmente, aunque no es una solución pero podría ser un parche, pon un fusible o dispositivo de protección que sea rearmable, así, en lugar de fundirse, salta la protección y solo tendrías que volver a armarla si solo te salta por haber hecho tope.
