Yo creo que de momento vas en la buena dirección, todo lo que limpies el circuito de refrigeración es un beneficio para el motor, no cabe duda, pero lo mas importante para el circuito es que circule el agua. Métele mano a lo que controlas para no complicarte, te digo lo que haría yo con lo que tienes hasta ahora. Vete a un chino y compra un gusanillo de desatascar tuberías lo mas fino que veas, te vas al barco y sueltas la toma de entrada de agua del filtro de agua salada, la pones por encima de la línea de flotación, abres grifo de fondo y la pasas bien hasta que pase la válvula del grifo para asegurarnos de que no queda ninguna obstrucción en ese tramo. Después me iría a una tienda de recambios náuticos (o Ámazon) y compraría un impeller nuevo y una junta para el filtro de agua o filtro completo.
Tenías dudas de si el filtro estaba bien montado, es fácil de comprobar, el agua de mar tiene que entrar normalmente en el orificio central que es el que la lleva a la rejilla que hace de filtro y la salida que va hacia el motor tiene que estar en la zona externa de esa rejilla, normalmente es la que no está en el centro, pero no se si eso es así en todos, hay que comprobar eso, que la entrada esté dentro de la cestilla y la toma por fuera, no me doy cuenta ahora mismo de como estaba montado en el tuyo, revisaré los vídeos.
Hoy que está todo abierto compra una boquilla del diámetro de la manguera para hacer el sistema de refrigeración por bidón que te comenté, así podrás comprobar la cantidad de agua que succiona el circuito y nunca se te quedará sin agua, yo lo tenía con un bidón de 10 litros cortado por la parte superior por comodidad, además te sirve para llenar el circuito de vinagre cuando lo vayas a limpiar, de agua para endulzar y en mi caso que me tiro varios meses en seco, para arrancar el motor cuando voy al barco.
Comprueba que todo el sistema hasta el intercambiador está en condiciones, que el caudal es el necesario y que logras eliminar esas burbujas y ya verás como todos los problemas desaparecen, venga, que ya casi lo tienes
Edito una vez mas. Acabo de ver un video donde se ve el filtro y efectivamente parece que está conectado al revés, al menos con respecto a los dos que he tenido, la toma del grifo de fondo debería entrar en el centro, dentro de la cestilla para que queden en ella las impurezas y el agua ya filtrada debería pasar por la zona externa que es la que queda por la parte exterior de la cestilla. Vamos si es eso es para arrancarnos las venas ....