Vale, disculpa, no leí del todo bien tu post.
Doy por supuesto que ahí donde lo tienes funcionaba bien antes, no que falla desde el principio.
La simple lógica dice que habiendo un plotter que funcionaba bien, una antena que funciona bien y un cable que funciona bien... deberían ser las conexiones entre ambos.
Podría haberse estropeado el conector del tu plotter, pero no el de los dos plotters, supongo, a no ser que se haya cascado el segundo al hacer mezlas de cables que hayan cortocircuitado algo.
No sé si al cambiar el gps has cambiado también el cable que lleva la señal a los aparatos. Si es el mismo podría ser por ahí el fallo.
Quizá habría que probar la antena y el plotter fuera del barco, por si algo estuviera influyendo algo externo.