Siempre que se habla de este tema observo las mismas confusiones.
Cuando se habla de normativa de pesca marítima lo primero que hay que hacer es distinguir entre aguas exteriores y aguas interiores.
Las CCAA sólo tienen competencia en aguas interiores, por lo que ya pueden decir misa en muchos aspectos que a poco que salgas fuera de costa sus normas ya no influyen. En aguas exteriores hay que consultar la normativa del estado:
https://www.boe.es/buscar/doc.php?id=BOE-A-2011-6099
Es decir, depende de a cuantas millas estés y de dónde estés, te aplica una normativa (la nacional) o la autonómica.
En cuanto a la validez de licencias entre comunidades más de lo mismo, en aguas exteriores se establece la validez entre comunidades por real decreto y en aguas interiores hay que leerse la normativa de cada comunidad.
En todas las normativas de las CCAA que he visto, sí dicen que son validas las de otras comunidades siempre y cuando exista reciprocidad de validez con la otra comunidad. Pero vaya que no me las he leído todas, mejor comprobarlo en el caso que ocupe.