[Eien]

Lo "normal" es que los separadores de baterías a transistores carguen por igual a todas las baterías a él conectadas.

El fusible "al aire" sería para tomar corriente para algún componente.

Mira a ver si puedes hacer una foto o decirnos la referencia de ese separador, pero me temo que será a diodos, con su caída de tensión incluida, dependiente de la corriente que atraviese el diodo.
Esa caída, hará que se carguen a menos tensión, la batería conectada.

Ya tardas en cambiar el separador, y rehacer el cableado.