[Eien]

Hola "chorfas", los dos tipos de baterías, pueden convivir, solo tienes que intercalar en el cable que ahora cargue a las de servicio, un convertidor dc-dc, algo más pequeño en intensidad que la corriente de tu alternador.
Supongo que ahora para cargar ambos bancos de baterías, tendrás un separador de carga, al que le llega un cable del alternador y del que sale uno para cada banco.