[TXELFI]

Recuerda que para poner 2 baterías en serie has de unir el positivo de una con el negativo de la otra. En tu caso yo las pondría una junto a la otra invertidas de posición para que la unión sea lo más corta posible. El trozo de cable debe ser grueso como un meñique, sin escatimar y con terminales buenos porque el amperaje es alto.
En el otro lado te queda 1 positivo y 1 negativo (uno de cada batería) y de ahí te salen 24 V para el consumo del motor y para cargar el grupo de 2 baterías.
Obviamente el cargador tiene que ser de 24 V y no te aconsejo que sea de una potencia menor que la décima parte de la suma de las 2 baterías.
Si vas a poner 2 de 100 A cada una debes cargar a 20A.
Además, te sale mejor que poner 2 cargadores de 12.