[inhaqui]

Si te he entendido bien, si.
Es decir, el separador de baterias no tiene lugar en una instalacion de LiFePo4 ya que el alternador no debe alimentar directamente ese tipo de baterias (como tu bien dices, se quemaria).
El esquema seria: Altenador -》Bat. Plomo -》Dc-Dc -》Bat LifePo4 (obviamente slos cables de positivo, los negativos van todos juntos a masa).

Si quieres cargar la de Plomo con el cargador de tierra y al mismo tiempo la LiFePo4 tambien podria ser, ya que el DC-DC reconoceria la subida de voltaje y se activaria. Ahora bien, yo no lo he hecho así, para simplificar el esquema. De todad formas hay un video de TheLowCostSaileor que lo explica bastante claro.
Lo que si que te recomiendo es que el DC-DC sea configurable por Bluetooth.

Espero haberte ayudado.

Salut.