[Egis]

Mira...
Cuando tienes dos baterías es una mala idea conectarlas en paralelo (por selector o por cualquier otro método)
El tema es que NUNCA (o casi) las baterías tienen la misma carga/tensión y lo que es peor la misma resistencia. Entonces cuando conectas las dos baterías en paralelo, la que tiene menor tensión descargará a la que tiene mayor tensión... o sea... un problema.

Al momento de cargar, conectar baterías en paralelo es una opción, pero al momento de tomar energía de ellas NO.

En principio verifica cuán viejas están tus baterías, cuánto desgaste tienen.
Si una batería de plomo - ácido tiene más de cinco añitos... medio que está para cambiar.
Si una batería de plomo - ácido luego de cargarse y estar en reposo una hora su tensión NO llega a los 12.4 voltios estaría también al final de su vida útil.

También deberías verificar la caída de tensión al momento del arranque motor. Si la caída es mayor al 15% medio que la batería está para ser cambiada.

NO te guies por el indicador de carga del tablero, este indicador sólo indica que la batería caga NADA más pero NO su estado.

Si usas dos baterías... tienes varias alternativas...
* Usa una para arranque y otra para servicio
* Usa las dos pero no al unísono.
* Usa un gestor de baterías (medio caro, yo no lo haría)
Hay otras formas... pero... primero verifica el estado de tus baterías.