Yo prefiero independizar las 2 baterías dejando una para motor y la otra para servicios, y añadir un tercer interruptor para unir ambas salidas de las baterías, para casos de emergencia.
Las 2 baterías se cargan a la vez, desde el alternador mediante un separador de carga, y en este caso, con otros elementos.
Esta puede ser una muestra que hice en el pasado para otro colega, y puede servirte como guía...