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El Mar Menor fue declarado Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) el 18 de mayo de 2001, según la Resolución de la Consejería de Medio Ambiente de la Región de Murcia, publicada en el Boletín Oficial de la Región de Murcia (BORM). Esta declaración se realizó en cumplimiento de la Directiva del Consejo de las Comunidades Europeas 79/409/CEE, de 2 de abril de 1979, sobre la conservación de las aves silvestres.
No se puede fondear en una zona ZEPA en todo el año, los navegantes que entran del mediterraneo piden amarre en cualquiera de los puertos que hay en la laguna, los que fondean donde les parece, son gente que tienen el barco todo el año en naves y lugares de campo, los sacan los fines de semana y con un remolque se van al mar menor, los hechan al agua por donde pueden y fondean donde quieren para pasar el día y hechar toda la basura que generan alli mismo donde estan fondeados, y otra cosa es que si no se está de acuerdo pues se levanta el fondeo y se van cada uno a asu sitio, después si se quiere se reclama donde proceda pero lo que no se debe permitir son las amenazas a los agentes que solo cumplen con su trabajo, si hay multas gordas la culpa es solo de quien las busca