Con el motor caliente, corres riesgos, y el termostato sólo estará abierto unos minutos, en el momento eches agua templada o vinagre, el termostato se cerrará y dentro del bloque sólo entrará "algo" de vinagre. La otra forma en caliente que se muestra por internet recirculando una mezcla de agua vinagre es extremadamente peligroso, tanto para el motor como para las personas (para hacerlo con seguridad, hay que saber muy bien lo que se hace, pero sinceramente no le veo la ventaja, salvo que sea un caso extremo, y la alternativa sea levantar culata).
A temperatura ambiente, para asegurarte que el vinagre inunda completamente el bloque motor, es un poco más laborioso. La forma más sencilla y correcta en mi opinión es quitando el termostato, y bloqueando el bypass, para forzar que el vinagre entre por el bloque motor, e inunde el espacio interior, que en el fondo es donde está el problema.
Procedimiento:
Quitar termostato,
abrir tornillo de drenado abajo, para que salga todo el agua,
bloqueas by-pass (muy fácil), con un tapón, o con un taco de madera, o lo que se te ocurra que quede estanco.
cierras tornillo y llenas con vinagre (al haber quitado termostato y bloqueado bypass, aseguras al 100% que llenas el bloque motor con vinagre)
Una noche completa.
Repetir según necesidad, es muy sencillo porque una vez tienes el "setup" montado, sólo tienes que abrir tornillo de drenaje, vacias vinagre viejo y vuelves a rellenar.
Mirate este vídeo en el minuto 4.27 más o menos se explica el tema del bypass.
El ejemplo es en un motor muy sencillo 1GM10, pero entendiendo el mecanismo, lo puedes extrapolar a motores más complicados.
Un saludo.