Muy buenas manakes, ¿que barco tienes? ¿has probado si es agua dulce o salada? Si como dices es solo cuando llueve, seguramente será dulce y entrará por la cubierta.
Hay un método que me dijeron hace años, cuando tenía un manantial de agua dulce en mi barco, que es comprar acuarelas de las mas baratas y poner los colores separados y cuando entre agua, solo has de revisar el color de la sentina y asi puedes averiguar por donde entra.
Espero que encuentres rápido por donde entra agua.
Saludos
Rafa