No tengo memorizado el jeanneau SO 39 I Y como va el montaje. Normalmente el casco lleva una pestaña sobre la que se " pega" la cubierta. Y para reforzar esa unión se atornilla. Ocultando el sistema de los tornillos, con los perfiles de aluminio o colocando el cintón de madera.
Por un tornillo puede entrar algo.
Si dices que navegando con escora entra, que hay un tramo muy sospechoso. Tendrás que mirar de hacerle un buen cordón de polímero sellante.
A ser posible por dentro y por fuera.
Desmontando regala mejor, aflojando tornillos para poder meter cuchilla y que te entre bien el sellador.
El enfoque general es ese, las particularidades que te encuentres en tu caso, serán las que te consuman más o menos tiempo.
No hay más opción diría yo. Planteamiento en profundidad o de modo superficial.
Suerte y paciencia.
