[nostromo68]

A ver que te dicen los entendidos del tema que quizás yo no soy el mas indicado. Mientras no funcionen las dos a la vez no tiene porqué haber ningún problema en que sean distintas, siempre que alternes entre las posiciones 1 y 2 del conmutador y evites poner el "all o 1+2" salvo para emergencias.
No dices el tipo de barco que es pero por las fotos parece un intraborda diesel. 40 Ah la veo muy poca capacidad, imagino que el motor será pequeño, pero aún así yo no pondría menos de 60 y a ser posible 70-80.
Un corto inesperado te deja sin nada a bordo, ni motor ni comunicaciones ni nada, si solo tienes una batería estás jodido y una batería vale dos duros, bueno, que por 60/80€ rellenas ese hueco y navegas mas tranquilo
Asegúrate antes de nada de qué es lo que alimenta cada una de las baterías y que polaridad tienen los cables, compra aunque sea un rollo de cinta adhesiva roja y vete marcando los positivos para diferenciarlos. Tienes cables negros a positivo y negativo y cables azules también indistintamente a positivo y negativo, cuando salen de la batería es fácil distinguirlos en función del borne al que están conectados, pero cuando llegan a la otra punta del barco no tienes ni idea que que son.
Echa una tarde tranquila en comprobar todo eso. Yo no tengo ni idea de electricidad y mucho menos de usar el multímetro, pero lo tengo marcado en continuidad y así se que final de cable corresponde con un principio. No hace falta gastar dinero si no quieres/puedes, con un par de tiras de regletas te haces unas bases de positivos y negativos, lo mejor comprarlas, que no son caras y las hay que ya vienen con los diferenciales/fusibles.