Hola,
Debo deciros que no he probado ninguno de estos programas. Si os animais a probarlos ya me direis cual os ha parecido mejor:
OpenPilot (Windows y Linux):
http://openpilot.sourceforge.net/index.html
OpenCPN (Windows y Linux):
http://sourceforge.net/projects/opencpn/
Olex (Linux)
http://www.olex.no/
Si logro sacar algo de tiempo intentare hacer un script de instalación en red del OLEX para Debian (Supongo que tambien funcionará en unbuntu).