vamos a ver, la función del separador es únicamente mantener separados dos o mas bancos de baterias. Es indistinto si nos referimos a una sola batería o a variasa (banco de baterías) siempre que trabajen sobre un mismo circuito eléctrico.
- Evitar que si se sulfatara (corrompiera) una batería en un banco, jodiera a las de otro banco
- Mantener separados los bancos, para que al consumir del banco de servicios, no tires del banco de arranque.
Por ello el separador de baterias tine una entrada, proveniente del alternador, desde el cual cargarás tus baterías, con dos o mas salidas, una para cada banco de baterías.
En el mercado se hallan facilmente separadores para dos bancos y para tres bancos de baterías. Supongo que será posible encontrar para cuatro o más, al igual que resultaría absurdo un separador para una sola batería.
Por norma general, observa que siempre hablo de bancos, las baterías que están interconectadas para conseguir una misma función (banco de baterías) no están separadas entre sí, ya que el separador lo que hace es impedir que la corriente circule en uno de sus sentidos, y no sería sensato impedir la libre circulación de los electrones entre baterías de un mismo banco.
Como separador, es indiferente el ampoeraje de uno y otro u otro banco.
Temo que el problema de tu vecino de pantalán es que el generador no da bastante de sí. Deberias comprobar cuantos amperios suministra su alternador, y tener en cuenta que esa cantidad la sumiunistrará en una hora de funcionamiento a elevadas RPM (desconozco el regimen óptimo de su alternador) y entonces empezará suministrando igual amperaje a los tres bancos, cerrando automaticamente los dos bancos de 100A cuando estos estén llenos y continuando con el de 400A. Ten en cuenta que esto es mucho amperio. Con mi barco y los 55Ah que suministra el alternador podría tardar facimente mas de 6 horas a poco que hubiera usado la hélice de proa.