Hola Golden Hint.
No, no tienes que registrar el buque en el registro español, esta norma es sólo para ciudadanos residentes en España, y no es tu caso.
Existen en los puertos españoles muchos liveaboards que son extranjeros (alemanes, ingleses, norteamericanos) que no han tenido que realizar ese trámite.
(A lo mejor hay una disposición nueva que no conozco, pero no lo creo).
Cheers!
Rog
PD: When you come crossing from Cape St.Vincent in Portugal to Cadiz (Spain), let me know. My base marina is Rota, if you need something maybe I can arrange.