[Calixto]

No conozco tu barco, pero por lo que creo entenderte, la cubierta es un sandwich con un núcleo de madera. En ese caso es posible que el problema se deba a una deslaminación del sandwich por putrefacción del núcleo y por tanto a una disminución drástica de la resistencia de la cubierta. La solución, claro, es reforzar la cubierta. El cómo hacerlo depende de muchas circunstancia, como el tamaño de la cubierta, estensión del daño, accesibilidad desde el interior, etc.
Yo intentaría laminar a la cara superior de la cubierta, accediendo a ella desde abajo, unos refuerzos de madera, transversales y que recorrieran toda la cubierta de lado a lado, apoyando sus extremos en el casco (baos). Otra solución, como inyectar resina, te la desaconsejo.